La verdad yo no entiendo casi nada...
Si utilizas una variable tipo ?sec=1 en la url, me imagino que será para:
- generar la página.
- generar el menú.
Entonces esa variable es necesaria también para generar la página. No sólo para el menú.
Si tus secciones no necesitan de una variable para generarse sino que las llamas directamente "seccion1.php" entonces tampoco veo el problema. Dentro de esa página le das valor a una variable que arme el menú.
Si tienes enlaces externos... éstos apuntarán a la url completa necesaria.
Tampoco es tan ciertoi de que al utilizar sesiones "pierdas" el botón de "atrás". Es más... en condiciones normales no pasará eso. Depende de la configuración de tu PHP y de las cabeceras que pases.
Saludos