Hola otra vez:
Tratando de hacerme la idea, pienso que se tornaría complejo lo que tu quieres, aunque se me ocurre que se pueden crear distintos proyectores (páginas html) y tener un iframe en el que vayan cargándose según el paso del ratón, aunque habría que tener mucho cuidado con el peso de las imágenes...
De esa manera el proyector sería el mismo para todas las galerías, y en la galería de miniaturas en sí, tan solo habría que modificar el script, para que en vez de usar el evento onclick funcione con onmouseover... y en vez de enlazar en una ventana con la ampliación de la miniatura, enlace con una página de presentaciones.
Como te decía, es algo complejo, pero en la facultad siempre dicen "divide y vencerás", así que tomando el proyecto grande como una serie de proyectos pequeños, tendría que salir todo bien.
Si crees que es buena idea, trata de hacer funcionar el proyector de diapositivas, y dime que opinas sobre seguir adelante.
Saludos