Hola, Bravo
¡Vaya lío!
"top" sólo sirve para páginas con marcos, no para ventanas abiertas por otras; aquí no hay "jerarquía".
No creo que se pueda hacer referencia a la ventana inicial A desde la E. Pregunto inocentemente ¿para qué abrir tantas ventanas, si cada una va cerrando la anterior? ¿No podrías abrir todas B,C,D,E en la misma ventana? De ese modo, A sería "window.opener" para todas las demás.