Puedes getionarlo como gustes ..
Puedes que al crear un usuario en tu sitema .. crearle una carpeta "nombre_usuario" y mover ahí los scripts que necesite para funcionar y a su vez tener ahí tus estructura para dejar sus archivos si corresponde. Esto no es muy "optimizado" que digamos.
Lo ideal es que tu aplicación dentro del manejo de datos que haga (con BD lo ideal) junto a tu gestión de usuairos .. todo lo que haga un usuario quede bajo su "ID" usuario en las tablas que corresponda de tu BD asociadas en relación 1 -> N por ejemplo:
tabla usuarios
Id_usuario
nombre
tabla foto_logs
id_foto_log
ID_usuario
propiedad_foto_log
etc
tabla fotos
id_foto
id_fotolog (o Id_usuario)
nombre_foto
blabla
Así crearas consultas SQL condicionadas bajo el "ID_usuario" (... WHERE id_usuario='n°' o similar)
Los "fotolog" de cada usuario podrías lanzarlos desde algún script tipo:
http://www.blabla.tal/ver_fotolog.php?usuario=pepe
Un saludo,