Y con respecto a lo que preguntas sobre hacer una especie de eliminación selectiva de los tags... pues ya Cluster dio la respuesta más arriba.
Código PHP:
// cargas el html de la bd en una variable $html
$html = $row['contenido'];
// eliminas todos los tags con strip_tags(), menos el tag <span>
$html = strip_tags($html, '<span>');
// ahora aplicas una función como htmlentities() para que los tags no
// se interpreten sino que se muestren. También puede ser htmlspecialchars()
$html = htmlentities($html);
// y muestras el texto:
echo $html;
Si necesitas mayor información sobre las funciones por favor consulta el manual:
http://www.php.net/htmlentities http://www.php.net/htmlspecialchars http://www.php.net/strip-tags
Saludos