Hola a todos:
La verdad es que no me he enterado bien del tema, pero desde el head "destino" no puedes dar propiedades propias de ventanas popup, pero no estoy de acuerdo con TurKa (¡Hola

!) -tal vez no entendí bien lo que expuso- sobre que un link no puede abrirse en un popup... Puse en las FAQs un pequeño truco para conseguirlo, y es usando el atributo target de los enlaces y el evento onclick para abrir la ventana durante la activación del enlace (creo que se trata de la FAQ-187 o muy cercana)...
Incluso supongo que podrían usarse esas propiedades de los popups de esa manera: window.left, window.width...
Espero que si no te sirve, puedas aclarar un poco mejor lo que pretendes...
Saludos