todas las funciones en el mismo archivo?

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Evidentemente cargar funciones que no vas a usar es una pérdida de tiempo, sin embargo tener todas las funciones en el mismo archivo es una buena manera de poder modificar la misma función sin tener que modificar 34.524 páginas así que lo mejor es que las funciones que utilizas en más de una páginas las pongas todas en un archivo y lo incluyas.

Las funciones que solo usarás en una página determinada la pones en la mísma página

Y si existe algún grupo de páginas similares que comparten funciones que no se usan en otras páginas pues lo pones en otro archivo que solo incluirás en esas páginas.