Por supuesto que se puede.
Supongo que estás poniendo el .htaccess en el subdominio, ¿correcto?
Allí donde pones la última regla para prevenir el "hotlinking" debes poner al final estas líneas:
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^
http://www.mimecanicapopular.com [NC,OR]
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^
http://mimecanicapopular.com [NC]
Saludos,