Pero .. tus links actuales como son?
si son
index.php?mostrar=1
no corresponde con la regla (dicho de paso expresiòn regular) que usas en:
RewriteRule (.+)/(.+).html $1/index.phtml?ver=$2
fijate que dices "index.phtml" ... y ver como variable . No sé si será un error al publicar tu mensaje en el foro .. pero ya que se trata de ver que expresión regular te ha de servir .. no debes equivocarte al describir que tipo de links tienes actualmente y cuales quieres que resulten tras aplicar la expresión regular que usa el mod_rewrite para hacer eso.
De todas formas .. lee este artículo sobre esas técnicas:
http://www.zonaphp.com/articulo30.php
Un saludo,