en las etiquetas html con las que se coloca el flash hay una propiedad de la pelicula "name" por ella puedes identificar al objeto e indicarle ciertas funciones de javascript para flash como play, stop, pararle una variable, etc...
en javascript puedes invocar la función play a la pelicula asi:
window.document.nombre_de_la_peli.play();
puedes ponerlo dentro de la misma función con la que haces visible al div
aqui tienes un ejemplo de parar y detener una pelicula desde dos botones de formulario
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Peli</title>
<script language="javascript">
function control_peli(accion){
if (accion == 'play')
window.document.peli.play();
else
window.document.peli.stop();
}
</script>
</head>
<body bgcolor="#ffffff">
<center>
<p>
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0" width="300" height="200" id="peli" name="peli" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="movie" value="stop_play_js.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#ffffff" />
<embed src="stop_play_js.swf" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="300" height="200" name="peli" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
</p>
<form name="form1" id="form1" method="post" action="">
<input type="button" name="Submit" onclick="javascript
:control_peli('play');"value="P lay" />
<input type="button" name="Submit" onclick="javascript
:control_peli('stop');" value="Stop" />
</form>
</body>
</html>
en este caso a la propiedad name le puse ="peli" y asi es como la manejas desde javascript....creo que estos comandos solo jalan desde ie y netscape.
Aqui viene una mejor explicación y una lista de las funciones javascript-flash
http://www.cristalab.com/vertutorial.php?id=2
espero que te halla servido de algo
saludos