ok, veo que estamos aprendiendo
linux es un sistema 5 o (system V) , esto tiene 5 runlevel de usuario y 2 de sistema del 0 al 6, el runlevel 0 es el de apagado del sistema, del 1 al 5 son los de usuarios y el 6 es el de reboot.
Apartir de aqui la configuracion de en que runlevel trabajas esta declarado en el archivo /etc/inittab ahi dices en que runlevel inicia linux.
Cada runlevel tiene un directorio /etc/rc?.d (donde ? es el numero de runlevel) o en /etc/init.d/rc?.d (depende la distro) pero para saber bien cual es el directorio lee el archivo que te comente antes inittab , si tiene problemas "man inittab" .
Ya tienes toda la informacion, ahora solo debes investigarla un poco mas y entenderla
suerte...