Hola Dainsat:
Por lo que dices, debes abrir el popup con un enlace y el uso del evento onclick del enlace...
Si es así, tan solo debes poner return true después de abrir el popup:
<a href="#" onclick="window.open(...);
return false;" > enlace </a>
Si se trata de otra cosa, sería mejor que pusieras el código.
Saludos
