Hace tiempo alguien preguntó lo mismo, pero los reproductores que probamos y que soportaban subtítulos "curiosamente" desactivaban la opción de seleccionar subtítulos si el video era un DVD, pero la activaban si era un MPG o un AVI... muy raro pero no llegamos a nada. Quedó por probar los reproductores zoom player y videolan, prueba con estos a ver si tienes suerte.
Saludos