creo que me veo mas ignorante pero a que le llamas capas??
si lo que quieres es que se vea un swf o alguna otra cosa encima de la página y despues quitarlo podrias hacerlo con un <div> solo le asignas un id y con javascript le puedes dar cordenadas....o con
style="visibility:hidden " para cuando quieras que se oculte
style="visibility:visible" para cuando quieras que se vea
le tienes que poner en position absolute
style="position:absolute "
para que se vea por encima de lo demas