mira.. lo que yo hago es esto:
Código PHP:
<div id="cabecera">
<? include('cabecera.php'); ?>
</div>
<div id="menu">
<? include('menu.html'); ?>
</div>
<div id="contenido">
<? include('contenido_indice.php'); ?>
</div>
<div id="pie">
<? include('pie.html'); ?>
</div>
Así es mi index.php, no sé si te sirva.
Saludos