Contraseña se le puede poner con el botón derecho sobre la carpeta, seleccionar la opción de contraseña y ponerle la contraseña. Ahi hay dos opciones, solo lectura o acceso total. Creo que se pueden establecer ambas para que a unos les des acceso de lectura y otros total.
Si tu pregunta es establecer contraseñas locales (dentro del mismo equipo pero con diferentes usuarios), tendrías que utilizar software de terceros.
protect folder in windows 98