En la base de datos si que se guarda el salto de línea pero para que a la hora de visualizar el texto aparezca el salto de línea en la página lo que tienes que hacer es que cada vez que quieras imprimir el valor uses la función
nl2br($texto)
siendo $texto el campo extraido de tu base de datos
http://es.php.net/manual/es/function.nl2br.php