Eso depende!!!
SI vas ha hacer una base de datos relacional, entonces ecoge InnoDB, pero si vas hacer una base de datos sin ningun tipo de relación entonces escoge MyISAM
Ahora si vas a hacer una base de datos relacional y tu server no so soporta InnoDB, pues te toca utilizar MyISAM y crear las relaciones en forma virtual (esto es a nivel de programación)
