Hola,
¿Cual es el contenido exacto de los ficheros? Un salto de linea es un caracter, asi que si despues del contenido tienes un salto de linea te lo lee.
Prueba a aplicar un trim() (
www.php.net/trim) al valor leido del fichero, para eliminar esos caracteres especiales que puedes haber leido.
Saludos.