Hola, Aizea:
No comprendo muy bien lo que te ha ocurrido. A mí nunca me ha pasado algo como eso. ¿Cómo recortaste las imágenes en Freehan? Si usaste pegados dentro (no te los recomiendo) puedes tener problemas. Lo mejor es realizar trazados de recorte a esas imágenes desde Photoshop o similar. Los EPS irán perfectemante recortados a Freehand si tienen un trazado de recorte.
Saludos