Código:
<html>
<head>
<script>
function cierra(){
window.opener.close();
}
</script>
</head>
<body>
<button onclick=cierra()>click</button>
</body>
</html>
y te cierra la ventana madre si solo si fue abierta desde un link con target=blank.
Código:
<a href="madre.html" target=blank>abrir madre</a>