No sé exactamente cómo va la cosa, pero algunas versiones de Windows no tocan el MBR, así que respetan a LILO. Por ejemplo, MS Windows2000 no machacó LILO la última vez que lo reinstalé. De todos modos, el procedimiento para recuperarlo es bastante fácil: antes de instalar Windows creas un diskette de arranque para Linux, y tras la instalación, arrancas con el diskette, y en la línea de comandos tecleas "lilo" (sin comillas). Y yastá. Creo que no me he olvidado nada, no?