Ese mensaje es cuando quieres cargar algun programa... no le prestes mucha atencion.
yo te recomendaria que le pases un scandisk a tu disco.
Además carga tu pc con un disco de inicio, de preferencia winme, y escribe desde el prompt scanreg /fix y luego presionas enter, esto para arreglar cualquier desperfecto con el registro.
Sino te funcionara lo anterior, puedes probar nuevamente con el disquete y tambien desde el prompt escribir scanreg /restore presionas enter, esto te permitira elegir un punto anterior en el registro (que este obviamente ok). Prueba restaurando desde el más reciente a la fecha de tu problemita. Luego resetea la pc, sino te funciona a la primera puedes probar con la copia anterior a la que elegiste.
Saludos.