Recordemos que para ejecutar tus Servlets/JSP no es necesario tener instalado el J2EE, basta con el J2SE, un contenedor de Servlets como Tomcat y algunos JAR adicionales como JAVAMAIL si quicieses usar la potencia de los mails con Java.
Para que tus Servlets los reconosca tu Servidor web debes ir a tu web.xml y especificarle los datos nesearios
<servlet>
<servlet-name>NombreServlet</servlet-name>
<servlet-class>NombreClase</servlet-class>
</servlet>
Código PHP:
<servlet-mapping>
<servlet-name>NombreServlet</servlet-name>
<url-pattern>/servlet/TuServlet</url-pattern>
</servlet-mapping>
Saludos