El agora cart es un servicio extra que dan las empresas de hosting(al igual que todos los scripts instalables con fantastico), pero para el cual no dan soporte, evidentemente, a no ser que de un error al instalarse.
Es como si quieres que tu empresa de hosting te de soporte para programar en php o en mysql, por el mero hecho de que el hosting lo ofrezca.
Si se ha instalado bien como dices y se ha puesto a funcionar, sera cuestion de que cojas la documentacion y empieces a "estudiartela".
http://www.agoracart.com/ aqui tienes la direccion con toda la documentacion
Ya tienes faena...