Por mi parte no uso al extremo el modelo MVC .. sólo algunas capitas de abstracción de BD y de vez en cuando alguna de manejo de "templates" ..
De todas formas .. seguro que te interesará hechar un vistazo a este sitio:
http://www.phppatterns.com/
Por ahí tienes mucha teoría al respecto sobre la implementación de esas técnicas (y otras) bajo PHP.
Un saludo,