Saludos Ferny
ya lo he solucionado.
Os comento como lo hice
Primeramente probé la opción que me diste con MPEGTools de TMPGEnc pero no funciono ya que al compilar el DVD volvió a aparecer la dichisa desincronización.
Entonces, lo que hice fue cargar la película con TMPGEnc y la volví a procesar completamente, eso sí, le marque como Sourge Range iniciando dos o tres frames despues de 0 y finalizando también unos 10 frames antes del final, es decir, forzé a que me diera exactamente ese pedazo que practicamente coincide con toda la película, pero así quedó bie. Complile el DVD y maravilloso.
Gracias por tu ayuda