Intentalo de esta forma. Abre TMPGEnc (el normal, no el DVD Author) y te vas al menú File -> MPEG Tools -> Merge & Cut. Ahí cargas ese MPG, en Type seleccionas:
- MPEG-1 VideoCD: si tienes un VCD estandar
- MPEG-1 VideoCD (non standard): si tienes un CVCD (VCD no estandar)
Luego le pones un nombre al archivo de salida (distinto al original, para no sobreescribir) y le das a Run. De esta forma te demultiplexa (separa video y audio), multiplexa (une video y audio) y reconstruye la cabecera en un solo paso, y lo mejor es que suele funcionar en estos casos
Pruebalo y me cuentas
P.D.: si no sabes qué tipo de MPEG-1 tienes, ve a la pesataña Demultiplex, carga el MPG y me copias los datos de video y audio que te ponga.