Hola... pues ya me causa intriga... perdona quiza mi ingenuidad pero ¿has registrado la ruta de esos paquetes en el classpath? o sino... en tu código quiza no has puesto algo asi:
Código:
java -classpath "c:\mi\ruta\de\paquete" Prueba
Como te digo, perdona si soy ingenuo o si me sigo equivocando... pero bueno, se hace lo que se puede por los amigos...
Éxitos y saludos... ojalá que todo te salga bien en tu tesis