Bueno, primeor que nada recordar que los Beans son clases...
Con respecto a lo del web.xml, no es necesario tener el Bean puesto ahi para que lo puedas instanciar.
El metodo que tu estas usando para instanciar el Bean esta correcto, el unico problema que almenos yo me he topado, es que si nuestro Bean no esta empaquetado, por ejemplo, yo los empaqueto en un paquete asi...
Código PHP:
package goncafa;
Esto me crea el BEan dentro de un paquete llamado goncafa, que obviamente debe estar dentro de una carpeta llamada goncafa, entonces luego subo esa carpeta y todo su contenido a mi server, a la carpeta WEB-INF/classes/
Luego solo pongo en mi JSP esta linea arriba
Código PHP:
<%@ page import="goncafa.*" %>
Luego instancio mi clase ya sea como un Bean o como una clase normal, por ejemplo, si mi Bean se llama MiBean lo hago asi
<jsp:useBean id="miBean" class="goncafa.MiBean" />
o bien asi dentro de un scriplet
Código PHP:
<%
MiBean miBean = new MiBean();
%>
Saludos