Podrias aclaranos la idea de animaciones externas??? osea te refieres a Popups??? si es de tal forma solo haz esto:
Código HTML:
<a href="animacion_swf.htm" target="_blank" onClick="window.open(this.href, this.target, 'width=400,height=500,scrollbars=yes,menubar=no,resizable=no'); return false;">animación</a>