Hola Machine80, asi como existe el MVC (modelo vista controlador) para los servlets y jSP, también existe el modelo vista controlador para el lado del servidor. Es decir, tu ahora tienes una sola capa de EJB, y ellos consultan a la base de datos no?, bueno, los patrones EJBs recomiendan tener tres capas en el lado del servidor:
--> Cliente Web (servlets) --> EJB Session (delegador de logica de negocio) --> EJB Session (fachada) --> DAO ó EJB Entity (acceso a base de datos).
Como ves, hasta tres capas, pero para no complicarse demasiado, podrías ir pasando poco a poco, es decir dividir por lo menos tu actual capa de EJB, en dos capas, una con EJBs que llamen a métodos donde se hace la consulta, pueden ser DAO (clases) o EJB (entity CMP o BMP).
Mira este link:
http://java.sun.com/blueprints/corej...rns/index.html