Mira, el javascript de un pop-up está compuesto de dos partes, una que va dentro de las etiquetas <head> y </head> y otra que va dentro del body, específicamente donde está el texto o imagen al que le asignas un vínculo.
Te muestro lo siguiente:
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<title>Mi página</title>
<!-- Begin popup code -->
<script language="JavaScript" type="text/javascript"><!--
function gotonewpage(what) {
value = what.options[what.selectedIndex].value;
if (value == "") return;
window.location.href = value;
}
var winhandle = null;
function popUp(URL) {
if ((winhandle != null) && (! winhandle.closed)){
winhandle.location.replace(URL);
}
else
{
winhandle=window.open(URL, 'imagewin', 'width=770,height=500,resizable,status,scrollbars' );
}
winhandle.focus();
}
//--></script>
<!-- End popup code -->
</head>
<body>
<a href="javascript:popUp('imgs/imagepages/image26.htm')"><img src="imgs/thumbnails/tnimg_fantasy026.jpg" alt="img_fantasy026.jpg" title="img_fantasy026.jpg" border="0" width="80" height="60"></a>
</body>
</html>
Bueno, espero que puedas entenderme, si no es así, vuelve a escribir a ver como hago para ayudarte mejor.
Suerte