De aca podes bajar el
RegSeeker 1.35 Beta
Lo bueno con este programa es que no necesita instalacion, simplemente descargas el .zip lo descomprimis y incluso lo podes poner en español.
No se si te va a arreglar este problema (es cuestion de probar) pero igual seguro que va a limpiar mucha basura de tu registro con total seguridad.
Le das en limpiar registro y lugo en seleccionar todo y con el boton derecho en borrar lo seleccionado y listo.