Exactamente como dice "Alanis" es mas potente que la version anterior y te da la opcion (RECOMENDADA) de desintalar el viejo al poner el nuevo.
Aca te dejo unos links interesantes al respecto y en el manual en español tenes la diferencia un poco mas tecnica entre Ad-Aware 6 Vs Ad-Aware SE:
Descargue Ad-Aware SE Personal Build 1.05 (Nueva) Manual en español de Ad-Aware SE Personal Build 1.05 Parche de idioma español para Ad-Aware SE Personal y Profecional Ultimas actualizaciones de Ad-Aware SE
Salu2
El Piedra