Me imagino que usas setVariable en Javascript para setear la variable en Flash...
Puedes hacer un setInterval que este checando cada segundo si la variable ya Existe, si es asi pues solo llamas a tu funcion algo asi:
Código:
function chek() {
if (MiVariableDesdeJavaScript != undefined) {
lanzoMifuncion(MiVariableDesdeJavaScript);
clearInterval(time);
}
}
time = setInterval(chek, 1000);