Mira. los scripts CGI son unos programitas que escribes para que se ejecuten en tu servidor, para eso debes tener el intérprete de perl (php o asp también ser, pero yo prefiero perl) instalado en tu servidor, para eso fijate si tenés una carpeta que se llama CGI-BIN o algo parecido, si la tiene es que tu servidor soporta PERL.
Ahora bien, para subir tus scripts debes subirlos mediante FTP (a la carpeta CGI-BIN) en modo ASCII exactamente como haces con tus .html y luego darles permisos de ejecución chmod755 (solo para linux, en windows no es necesario).
Bueno, para aprender a programar en perl tienes la sección de tutoriales de
www.perlenespanol.com y en el foro de CGI de este sitio tienes un FAQ que estoy haciendo sobre el tema que empieza bien desde 0.
Bueno, cualquier cosa avisame...
Saludos
PD: Puedes pedirle a algún moderador que mueva este post al foro de CGI...