Hola otra vez:
No estoy seguro, pero creo que la idea original de la página era esa misma, marcar cada una de las áreas creadas, pero también quería que sirviese para los polígonos y los círculos (los 3 tipos de áreas permitidas), y sería entonces muy difícil de implementar (aunque también he desarrollado una librería gráfica que se podría usar, pero daría demasiado peso a la página)...
Creo que sólo para rectángulos, bastaría que tanto la imágen grande como el área seleccionada tuvieran estilos: position absolute (compartiendo la misma capa madre), y ponerle un fondo con filtro (pero no sabría implementarlo para opera) o un borde adecuado...
Los estilos del recuadro se calcularían con las coordenadas que se obtuvieran del script de selección.
Si tienes algo hecho, ponlo para intentar conseguir el efecto...
Saludos