Pues aqui hacen una comparativa (FreeBSD,Linux,Winbugs 2000)
http://people.freebsd.org/~murray/bsd_flier.html
Y por que decidirse pues yo diria que depende de tus necesidades a menos que vayas a poner un super servidor con y que solo sea para eso FreeBSD pora un uso "Normal" pues Linux, al decir normal me refiero a un servidor normal o estacion de trabajo etc. Winbugs Ni pensarlo no vaya a aparecer la "Pantalla Azul de la Muerte"
como dice al articulo
Saludos