Bueno, aunque me siento como un loco hablando solo,
aquí la solución:
Código PHP:
$sql_tiempo="SELECT TIME_TO_SEC(fecha_fin)-TIME_TO_SEC(fecha_inicio) as tiempo_transcurrido FROM nombre_tabla";
$execute_sql=mysql_query($sql_tiempo);
$row=mysql_fetch_object($execute_sql);
$tiempo_capturado = $row->tiempo_transcurrido;
$tiempo_transcurrido = intval($tiempo_capturado/60)." min ".($tiempo_capturado%60)." sec";
echo $tiempo_transcurrido;
Suerte