Los codec. Mira con ayuda de GSpot (
http://www.headbands.com/gspot) qué codec de audio usa ese AVI. Si es WAV o MP3 no hay problema (siempre que tengas bien configurado tmpgenc, como
aquí), pero por ejemplo AC3 y OGG no los pilla el TMPGEnc.
Si siguieras con problemas, prueba a quitar todos los codec y packs que tengas instalados, reinicia, e instalate los codec por separado:
http://codecs.mundodivx.org
Saludos