Bueeeeena pregunta... aún no he probado FreeBSD (un día de estos me pongo a ello), así que sólo te puedo contar acerca de lo que he leído:
Por lo visto, FreeBSD es más ligero, más estable, y más... más... más chulo. O al menos eso cuentan. En servidores no hay quien le haga sombra, según parece. Y como no lo he probado, no te puedo decir más acerca de sus bondades.
Y cuáles son sus desventajas? Bueno, para empezar, el número de usuarios y desarrolladores, que es mucho menor que en el caso de GNU/Linux, y por lo tanto será más difícil encontrar ayuda, o encontrar programas listos para usar en FreeBSD (aunque no tendrás problemas para encontrar los más populares; por ejemplo, KDE funciona sin problemas en FreeBSD). Por otro lado, me han comentado que la instalación es un pelín más difícil que la de todas esas distros amigables de GNU/Linux, así que no esperes que el asistente de instalación haga el trabajo por tí.
Por otro lado está el asunto de las licencias. Si usas GNU/Linux por motivos morales, es decir, si crees moralmente en los principios de la FSF, y consideras a la GPL la licencia libre más adecuada, tal vez no consideres apropiado usar software bajo licencia BSD. Y dónde está el problema? Tanto la licencia GPL como la BSD son libres, pero la diferencia es que la GPL defiende esa libertad (garantiza que nadie pueda convertir en software privativo lo que antes era libre, ya que obliga a compartir las fuentes junto con los binarios originales o modificados), mientras que la BSD otorga libertades sin defenderlas (basándote en código libre bajo licencia BSD, puedes introducir las mejoras que consideres oportunas, y luego distribuirlo como software privativo, sin compartir el código fuente). Si no me equivoco, el sistema operativo MacOS de Apple (que es privativo) se basa en FreeBSD, e incluso se rumorea que Microsoft puede haber hecho uso de código bajo licencia BSD para desarrollar sus sistemas operativos; esto jamás podría ocurrir con software GPL, si Apple o Microsoft quisieran usar código GPL en sus desarrollos, el único modo de conseguirlo sería licenciando todo el desarrollo bajo licencia GPL.
Hay quienes dicen que la licencia BSD es más libre porque te otorga libertad incluso para crear software no libre a partir de él; sin embargo, hay quien considera que la libertad debe ser tutelada para que sea auténtica libertad, y por eso la GPL aporta más al mundo del software libre, aún cuando incluye limitaciones (impide crear software privativo a partir de software licenciado bajo GPL). En alguna ocasión leí una frase que resume la posición de los partidarios de la GPL en una metáfora: "la libertad para hacer esclavos no es auténtica libertad".
Y qué más te da a tí todo este asunto de licencias, si sólo eres un usuario más? Bueno, el asunto no es baladí... cuantos más usuarios tenga un sistema, más empresas se apuntarán al carro, e intentarán sacar tajada del mismo... y claro, como la licencia BSD permite crear software privativo a partir del software libre, tal vez te encuentres algún día con que existe una versión libre de FreeBSD (o varias) que funciona bastante bien, pero existen de manera paralela un montón de versiones no libres que se basan en el mismo, que han introducido un montón de mejoras importantísimas que les supone sacar ventaja a la versión libre, y NO COMPARTEN esas mejoras con la comunidad (ejemplo ya citado: Apple MacOS). Y qué harán la mayoría de los usuarios y desarrolladores? Usarán la versión privativa (no libre), y desarrollarán para empresas privadas que no permitirán que se compartan sus avances. Entonces, el software libre habrá perdido. Fin de la partida. Sin embargo, la licencia GPL obliga a compartir las mejoras realizadas en el software que se distribuye bajo dicha licencia, y todo lo que desarrollen esas empresas que sacan provecho del trabajo de la comunidad revertirá de nuevo en la propia comunidad. La licencia GPL garantiza la continuidad del software libre.
Esto es todo lo que te puedo contar acerca de FreeBSD como desconocedor del mismo. Seguro que alguien habrá que te lo explique mucho mejor.