Bueno. Primeramente si quieres tener tus Bases de Datos solo quita phpMyAdmin de la Red externa es decir que desde otras Computadoras no puedas entrar a el. O si quieres solo borralo y listo.
Oh. Despues debes ponerle Contraseña al phpMyAdmin para que cuando entres te salga la caja de Login antes de mostrar las Tablas.
Para la protección de tus Archivos lo mejor que hay es Linux pero bueno, Debes de bajarte un Antivirus. Está el ISA de Microsoft es un Firewall muy bueno y bastante complejo. Realmente nunca lo llegue a probar.. Pero es bueno, te lo recomiendo.
Espero que te Ayude.
Saludos