Creo que el media encoder hace lo que tú dices, pero sólo lo sé de oidas, a ver si alguien lo puede confirmar... Aun así, es malísimo, para lo que tú quieres hay muchas herramientas mejores.
Sobre los parámetros de calidad, no sé a qué te refieres... Yo por ejemplo para archivos AVI o MPG uso el GSpot 2.52
www.headbands.com/gspot y me dice de todo. Pero creo que con los WMV no va.
Saludos