No deberías hacerlo así:
Borrar este mensaje:<input type=checkbox value="SI" name=borrar[$row[0]]'.'</p></td></tr>';
Sino, .. dar como "value" de ese checkbox el "ID" de tu registro a borrar, según puedes apreciar en esta FAQ que detalla el proceso completo:
http://www.forosdelweb.com/f18/faqs-php-530600-post518710/
Un saludo,