1- La diferencia es la forma en que se usa el bitrate. Mientras en Stereo se usa el bitrate en dos canales de audio totalmente independientes, en el Joint Stereo las partes que son "comunes" a los dos canales se codifican juntas, con lo cual ahorras algo de espacio y en definitiva se hace mejor la calidad.
2- Es falso que un MP3 de 128 Kbps es calidad CD. Lo que sí es verdad es que a ese bitrate ya es dificil distinguir entre un CD y un MP3, por tanto se puede decir que es buena calidad, pero no es la misma calidad que el CD. Si pones bitrates mayores aumentará la calidad pero también el tamaño que ocupan. Aun así, llega un momento en que aunque aumentes el bitrate no distingues diferencias entre ese y otro de menor bitrate, por eso yo creo que un MP3 a 160 o 192 Kbps ya es de muy buena calidad y no merece la pena aumentar más el bitrate.
3- Esta no me la sé, pero si sé que el Lame es uno de los codificadores MP3 más usados.
4- Sí se pierde calidad, siempre que conviertes de un formato a otro pierdes calidad. Ahora bien, va a ser tan mínima la pérdida que no vas a notar diferencia, asi que no hay ningún problema. No hace falta que le pongas el mayor bitrate de todos, con los 160 o 192 que dije es suficiente.
Por cierto yo acostumbro a tener la música en formato OGG. A igualdad de bitrate que el MP3, me da mejor calidad de sonido. Merece la pena probarlo.
Saludos