¿Por qué usas los corchetes?
Quizás los confunde con matrices y por eso no funciona. Prueba a cambiar los nombres para que no tengan corchetes.
Código HTML:
<input name="Caja_109" type="text" id="Caja_109">
<select name="Caja_110" onChange="AduanaPaso('109','110')">
function AduanaPaso(A01,A02){
eval("document.Form.Caj_"+A01+".value = document.Form.Caj_"+A02+".value");
¿O no será que tienes "Caja" en un sitio y "Caj" en el otro?