Si, .. hay solución ..
Se trata de comprobar si la variable que contiene las opciones seleccionadas (los checkbox marcados) es un array para aplicar el implode() o no ..
Código PHP:
if (is_array($_POST['seleccion'])){
$lista=implode(',',$_POST['seleccion']);
} else{
$lista=$_POST['seleccion'];
}
Y luego aplicar $lista a la sentencia SQL IN(...)
..... IN (".$lista.")....
Un saludo,