Mi opinion es que todas las tablas del sistema deberian ir dentro de una misma base de datos.
al menos para un portal web.
para organizaciones empresariales grandes, ahi cambia la cosa.
Ahora bien.
existe un asunto que se llama
"Linkear bases de datos".
que es definitiva es algo que te permite en una base de datos traer tablas almacenadas en otras bases de datos, sin capacidad de modificacion.
Pero para un portal web, no tiene sentido.