Roccons, he visto verdaderas maravillas hechas con x-cart.
Puedes pedir un presupuesto de personalizacion en
www.scriptlance.com o en cualquiera de esos mercados de freelancers.
Pide referencias o ejemplos de gente que haya hecho esas customizaciones y lo compruebas.
Tambien puedes ver los ejemplos de tiendas que hay en x-cart, y veras como se puede personalizar bastante bien, aunque como te dije, nunca llegaras a poder hacer lo que te de la gana, si hacer algo 100% a medida.
Es como los trajes o la ropa....siempre sobra o falta algo, a no ser que te la hagan a medida (y el sastre sea bueno claro...)